人类没有强大的AT立场，但是却拥有其他使徒所不具备的智慧。

不过人类的高层，背后真正掌控着这个世界的组织【SEELE】却一直在图谋让全体人类变成一个整体，变成像其他使徒那样的高等层次存在。

为此，他们布置了大量计划。

【人类补完计划委员会】，就是为了监督碇源堂的【NERV】而设立的，而他们也可以控制各个国家的走向。

......

正准备和夏树去郊外进行训练的碇真嗣听到警报声后停下脚步。

“这是...使徒又来了吗？”

碇真嗣站在总部的钢铁长廊内，抬起头，皱着眉头说道。

使徒的本能是回归亚当，实现自身进化的同时引发一次大清洗，而作为人类的碇真嗣，此刻的选择是——战斗。

“喂，美里小姐？”

“对，我在基地内。”