义愤填膺的官军，包围了余杭城，用步枪为前阵，飞雷炮和手榴弹为主要火力，向城中发动了密集的进攻，步枪子弹将叛军打得抬不起头来，飞雷炮轰击得最为猛烈，主要是步枪的远程压制，将叛军完全打压了，叛军的炮兵虽然也不少，可是，基本上成为步杀的对象，死伤惨重，其炮兵根本没有发挥出应有的作用。

突破首先在城北，那是正面进攻阵地，官兵将大炮推进到了城墙下，呼呼呼一个个的炸药包腾空而起，砸到了城墙上，炸得砖石乱飞，硝烟四起。叛军完全被炸懵了，四处逃窜，无法成军。

余杭的城门被炸开了，愤怒的官军蜂拥而入，又是劈头盖脑的轰击，将叛军完全击溃。

战斗迅速进展，叛军土崩瓦解，不到半个时辰，城内的战斗就结束了。

“立刻抓到马士英，为冯将军报仇！”

“抓到鲁王，为冯将军报仇啊！”

官兵在余杭城内，嚣张地呼喊着，向着每一个可能隐藏敌人的街道和院落挺进，搜查，将大量的逃难隐藏的叛军士兵揪了出来。

战斗结束了，张由松等人带领`部队到了城中，等待着结果，可惜，竟然没有发现马士英，逮捕的战俘一审讯才知道，他在袭击了皇帝的队伍以后，根本就没有回城，绕道逃脱了。

“这个狡猾的家伙，”张由松只能叹息一番。“那鲁王在没有？”

“皇上，也没有见到鲁王，据叛军说，鲁王其实没有来，只是拿了旗帜来振奋军心，他自己在杭州呢。”

非常遗憾地结束了战斗，张由松发现，其实，余杭之战的成果，还是非常巨大的。叛军三万余人，只有少数逃脱，其余被歼灭，被击毙者千余人，三万人被俘获，一大批战略物资被缴获，鲁王在杭州城北面的最后一道防线被撕裂，杭州门户洞开。

对于缴获的物资，迅速充为军用，至于战俘，则关押起来，进行鉴别，凡是普通的百姓的，都释放了，而军官，或者鲁王招安的匪徒之了，都关押起来等候进一步处理，至于将领，更是关押审查，一丝不苟。

稍加整顿，张由松军就向杭州挺进，绝对不想再给敌人一点儿机会，骑兵先行，因为在城中歼灭了敌人的大量骑兵，使自己的部队一下子增加了四百多名骑兵，大部队火速前进，并且对先锋部队，侦察部队等都做了严密的安排，惟恐遭到马士英军的袭击捣乱，为了保证逮捕马士英和鲁王，张由松和陈子龙，顾炎武等商量，派遣了一支骑兵，穿上战俘们的衣服，伪装成叛军的模样，携带足够的武器，秘密出发，昼夜兼程，从西面迂回，绕道杭州城的背后，而大队的步兵则继续前进。

一天时间，部队赶到了杭州城下，合围杭州，迅速突破，居然发现，杭州是一座空城！鲁王和马士英已经逃之夭夭了。