滨田弥兵卫事件，只是江户幕府时代的一个开端，不仅是因为日本在台湾岛上的利益，与荷兰人相冲突使然，主要还在于，这是一个信号，一种征兆，幕府准备对洋人动手了。

确切的来讲，是准备对基督教或者天主教动手了。

人有逆鳞，国家亦是如此，也有禁忌之处，也就是俗称的国无二主，即便是强势无匹的幕府，德川家族的历任家主，也要上尊天皇，而不敢自立为王，又怎么可能让基督教做大，让所谓的教皇与天皇并立？

尤其是在丰臣秀吉还在世的时候，有那么一段时间，日本对待基督教的政策极为宽松，并未有太多的限制，丰臣秀吉更是划出了那么一块地方，建造教堂。

然而，一切都发生的那么突然，让人始料未及，而又有迹可循，有着种种蛛丝马迹般的征兆。

有那么一艘西班牙商船，叫什么圣菲利普号，自马尼拉前往墨西哥，途径日本附近海域之时，突遭风暴，连人带船，一起被吹到了日本的土佐。

更加悲哀和不幸的是，圣菲利普号的船长，是一个大嘴巴，不知道是故意的，还是无心使然，他不仅夸夸其谈西班牙的全球殖民成绩，如何如何了得，不断地夸耀，更是毫不避讳地明言，传教士总是征服的先导。

显然，不管是不是无心之失，都带来的难以想象的后果，发生了类似于万历年间的“南京教案”的事情。

毫无疑问，负责审问的日本士兵，立即就将相关的讯息上报给了丰臣秀吉，使得丰臣秀吉更加坚定地认为，天主教在日本的传播，背后有着西班牙和葡萄牙的暗中策划，对于日本的殖民野心。

因此，这直接导致了“长崎二十六人殉教事件”的发生，揭开了日本的一场大规模的清洗，对于天主教迫害的序幕。